Al ser investigada, se descubre que la fragata es una nave de investigación de piratas espaciales en donde se llevan a cabo espeluznantes experimentos genéticos utilizando una sustancia Phazon misteriosa. Allí, Samus encuentra a su némesis, Meta Ridley, a quien persigue hacia la superficie de Tallon IV. Depende de Samus explorar las regiones interconectadas del planeta, investigar sus oscuros secretos y poner fin a la amenaza intergaláctica que Phazon representa.

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